Представление всех данных в объекте ExpressionSet

Обзор объектов набора выражений

Можно сохранить все данные и информацию эксперимента микрочипов в одном объекте, собрав следующие данные в объект ExpressionSet:

Один объект ExptData, содержащий значения выражений из эксперимента с микрочипами в одном или нескольких объектах DataMatrix
Один объект MetaData, содержащий образцы метаданных в двух массивах наборов данных
Один объект MetaData, содержащий метаданные элемента в двух массивах наборов данных
Один объект MIAME, содержащий описания экспериментов

На следующем рисунке показан типичный объект ExpressionSet и его объекты-компоненты.

Каждый элемент (объект DataMatrix) в объекте ExpressionSet имеет имя элемента. Кроме того, всегда существует один объект DataMatrix с именем элемента Expressions.

Объект ExpressionSet позволяет хранить, управлять и поднабор данных из эксперимента экспрессии генов микрочипов. Объект ExpressionSet включает свойства и методы, которые позволяют получать, извлекать и изменять данные, метаданные и другую информацию об эксперименте с микрочипами. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа данных. Список свойств и методов см. в разделе Класс ExpressionSet.

Построение объектов набора выражений

Примечание

Следующая процедура предполагает выполнение кода примера в предыдущих разделах:

Импорт bioma пакет так, чтобы ExpressionSet функция конструктора доступна.
```
import bioma.*
```
Создание объекта ExpressionSet из EDObj, объект ExptData, MDObj2, объект MetaData, содержащий примеры информации о переменных, и MIAMEObj, объект MIAME.
```
ESObj = ExpressionSet(EDObj, 'SData', MDObj2, 'EInfo', MIAMEObj1);
```

Отображение информации об объекте ExpressionSet, ESObj.

ESObj

ExpressionSet
Experiment Data: 500 features, 26 samples
  Element names: Expressions
Sample Data:
    Sample names:     A, B, ...,Z (26 total)
    Sample variable names and meta information: 
        Gender:  Gender of the mouse in study
        Age:  The number of weeks since mouse birth
        Type:  Genetic characters
        Strain:  The mouse strain
        Source:  The tissue source for RNA collection
Feature Data: none
Experiment Information: use 'exptInfo(obj)'

Полные сведения о построении объектов ExpressionSet см. в разделе Класс ExpressionSet.

Использование свойств объекта ExpressionSet

Для доступа к свойствам объекта ExpressionSet используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname

Например, чтобы определить количество выборок в объекте ExpressionSet:

ESObj.NSamples

ans =

    26

Примечание

Имена свойств чувствительны к регистру. Список и описание всех свойств объекта ExpressionSet см. в разделе Класс ExpressionSet.

Использование методов объекта ExpressionSet

Чтобы использовать методы объекта ExpressionSet, используйте любой из следующих синтаксисов:

objectname.methodname

или

methodname(objectname)

Например, чтобы извлечь имена переменных образца из объекта ExpressionSet:

ESObj.sampleVarNames

ans = 

    'Gender'    'Age'    'Type'    'Strain'    'Source'

Чтобы получить информацию эксперимента, содержащуюся в объекте ExpressionSet:

exptInfo(ESObj)

ans = 

Experiment description
  Author name: Mika,,Silvennoinen
Riikka,,KivelÃ¤
Maarit,,Lehti
Anna-Maria,,Touvras
Jyrki,,Komulainen
Veikko,,Vihko
Heikki,,Kainulainen
  Laboratory: XYZ Lab
  Contact information: Mika,,Silvennoinen
  URL: 
  PubMedIDs: 17003243
  Abstract: A 90 word abstract is available Use the Abstract property.
  Experiment Design: A 234 word summary is available Use the ExptDesign property.
  Other notes: 
    [1x80 char]

Примечание

Полный список методов объекта ExpressionSet см. в разделе Класс ExpressionSet.

Документация