codonbias
Вычислите частоту кодона для каждой аминокислоты, закодированной в нуклеотидной последовательности
Синтаксис
CodonFreq = codonbias(SeqNT)
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Frame', FrameValue, ...)
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Reverse', ReverseValue, ...)
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Pie', PieValue, ...)
Входные параметры
SeqNT | Одно из следующих:
Допустимые символы включают
|
GeneticCodeValue | Целое число, вектор символов или строка, задающая номер генетического кода или имя кода из таблицы Генетический код. По умолчанию это Совет Если вы используете имя кода, можно обрезать имя до первых двух букв имени. |
FrameValue | Целое число, задающее систему координат считывания в нуклеотидной последовательности. Варианты |
ReverseValue | Управляет возвратом частоты кодона для обратной последовательности комплемента нуклеотидной последовательности, заданной SeqNT. Варианты true или false (по умолчанию). |
AmbiguousValue | Вектор символов или строка, определяющая, как лечить кодоны, содержащие неоднозначные нуклеотидные символы (
|
PieValue | Управляет созданием рисунка из 20 круговых диаграмм, по одной для каждой аминокислоты. Варианты true или false (по умолчанию). |
Выходные аргументы
CodonFreq | Структура MATLAB, содержащая поле для каждой аминокислоты, каждая из которых содержит соответствующие частоты кодона в процентах. |
Описание
Многие аминокислоты кодируются двумя или более кодонами нуклеиновых кислот. Однако вероятность того, что конкретный кодон (из всех возможных кодонов для аминокислоты) используется для кодирования аминокислоты, изменяется между последовательностями. Знание частоты каждого кодона в кодирующей белок последовательности для каждой аминокислоты является полезной статистикой.
CodonFreq = codonbias(SeqNT)SeqNT, нуклеотидную последовательность и возвращает результаты в CodonFreqструктуру MATLAB, содержащую поле для каждой аминокислоты.
CodonFreq = codonbias (SeqNT... 'PropertyName', PropertyValue, ...)codonbias с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
задает генетический код. Варианты для CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)GenetidCodeValue - целое число, вектор символов или строка, задающая номер кода или имя кода из таблицы Генетический код. Если вы используете имя кода, можно обрезать имя до первых двух символов имени. По умолчанию это 1 или 'Standard'.
Совет
Если вы используете имя кода, можно обрезать имя до первых двух букв имени.
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Frame', FrameValue, ...)FrameValue, который можно 1 (по умолчанию), 2, или 3.
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Reverse', ReverseValue, ...)SeqNT. Варианты true или false (по умолчанию).
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)'ignore' (по умолчанию), 'prorate', и 'warn'.
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Pie', PieValue, ...)true или false (по умолчанию).
Генетический код
| Кодовый номер | Кодовое имя |
|---|---|
1 | Standard |
2 | Vertebrate Mitochondrial |
3 | Yeast Mitochondrial |
4 | Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial, и Mycoplasma/Spiroplasma |
5 | Invertebrate Mitochondrial |
6 | Ciliate, Dasycladacean, и Hexamita Nuclear |
9 | Echinoderm Mitochondrial |
10 | Euplotid Nuclear |
11 | Bacterial и Plant Plastid |
12 | Alternative Yeast Nuclear |
13 | Ascidian Mitochondrial |
14 | Flatworm Mitochondrial |
15 | Blepharisma Nuclear |
16 | Chlorophycean Mitochondrial |
21 | Trematode Mitochondrial |
22 | Scenedesmus Obliquus Mitochondrial |
23 | Thraustochytrium Mitochondrial |
Примеры
Вычислите частоту кодона для каждой аминокислоты
Импорт нуклеотидной последовательности из GenBank® база данных в программное обеспечение MATLAB. Например, извлеките последовательность ДНК, которая кодирует рецептор инсулина человека.
S = getgenbank('M10051');Вычислите частоту кодона для каждой аминокислоты, кодируемой последовательностью ДНК, и затем постройте график результатов.
cb = codonbias(S.Sequence,'PIE',true)
Получите частоту кодона для аланиновой (А) аминокислоты.
cb.Ala
ans =
Codon: {'GCA' "GCC' "GCG' 'GCT'}
Freq: [0.1600 0.3867 0.2533 02000]