Создайте график анализа основных компонентов (PCA) данных микромассивов
mapcaplot( создает 2-D рассеивает графики главных компонентов data)data. После построения графика основных компонентов можно:
Выберите основные компоненты для осей x и y из раскрывающегося списка под каждым графиком поля точек.
Щелкните точку данных, чтобы отобразить ее метку.
Выберите подмножество точек данных путем перетаскивания рамки вокруг них. Затем подсвечиваются точки в выбранной области и соответствующие точки в других осях. Метки выбранных точек данных отображаются в поле списка.
Выберите метку в списке, чтобы выделить соответствующую точку данных на графике. Нажмите и удерживайте Ctrl или Shift, чтобы выбрать несколько точек данных.
Экспорт меток и индексов генов в MATLAB® рабочей области.
Создайте график PCA, чтобы визуализировать гены, вовлеченные в метаболический сдвиг от ферментации к дыханию дрожжей (Saccharomyces cerevisiae).
Загрузите файл данных, который содержит данные о фильтрованных дрожжевых микромассивах. Данные получены из эксперимента (DeRisi et al., 1997), который использовал ДНК микромассивов для изучения экспрессии этих генов во времени. Уровни экспрессии измеряли в семи временных точках во время диаксического сдвига.
load filteredyeastdataЭтот MAT-файл включает три переменные:
yeastvalues - матрица данных экспрессии генов Saccharomyces cerevisiae (дрожжи) во время метаболического сдвига от ферментации к дыханию
genes - массив ячеек с номерами доступа GenBank ® для маркировки строк в дрожжевых значениях
times - вектор значений времени для маркировки столбцов в дрожжевых значениях
Выполните PCA для данных выражения и постройте график результата.
mapcaplot(yeastvalues, genes)
Выберите подмножество точек данных путем перетаскивания рамки вокруг них. Точки данных подсвечиваются, и соответствующие им метки появляются в Selected Data. Затем можно экспортировать выбранные данные в рабочую область, выбрав Export.
[1] DeRisi, J.L., Iyer, V.R., and Brown, P.O. (1997). Исследование метаболического и генетического контроля экспрессии генов в геномной шкале. Научный 278, 680 - 686 с.
clustergram | mattest | mavolcanoplot | pca