mavolcanoplot
Создайте соотношение значимости и экспрессии генов (изменение складки) графика поля точек данных о микромассиве
Синтаксис
mavolcanoplot(DataX, DataY,
PValues)
SigStructure = mavolcanoplot(DataX, DataY, PValues)
... mavolcanoplot(..., 'Labels', LabelsValue,
...)
... mavolcanoplot(..., 'LogTrans', LogTransValue,
...)
... mavolcanoplot(..., 'PCutoff', PCutoffValue, ...)
... mavolcanoplot(..., 'Foldchange', FoldchangeValue,
...)
... mavolcanoplot(..., 'PlotOnly', PlotOnlyValue,
...)
Входные параметры
DataX, DataY | Объект DataMatrix, матрица или вектор значений экспрессии генов из одного экспериментального условия. Если объект DataMatrix или матрица, каждая строка является геном, каждый столбец является выборкой, и среднее значение экспрессии вычисляется для каждого гена. Примечание Если значения в |
PValues | Одно из следующих:
|
LabelsValue | Массив ячеек из символьных векторов или строкового вектора, содержащего метки (обычно имена генов или идентификаторы набора зондов) для данных. После создания графика можно кликнуть точку данных, чтобы отобразить связанную с ней метку. Если вы не предоставляете |
LogTransValue | Свойство для контроля преобразования данных в |
PCutoffValue | Позволяет вам задать значение p для отсечения, чтобы задать точки данных, которые являются статистически значимыми. Это значение отображается графически как горизонтальная линия на графике. По умолчанию это Примечание После создания графика можно также изменить срез p-значения в интерактивном режиме. |
FoldchangeValue | Позволяет вам задать изменение складки отношения, чтобы задать точки данных, которые дифференциально выражены. По умолчанию это Примечание После создания графика изменение складки можно также изменить в интерактивном режиме. |
PlotOnlyValue | Управление отображением графика вулкана без компонентов пользовательского интерфейса. Варианты Примечание Если вы задаете |
Выходные аргументы
SigStructure | Структура, содержащая информацию для генов, которые считаются как статистически значимыми (выше порога p-значения), так и значительно дифференциально экспрессированными (вне значений изменения складки). Поля перечислены ниже. |
Описание
mavolcanoplot( создает график поля точек данных экспрессии генов, строя график значимости и кратного изменения коэффициентов экспрессии генов двух наборов данных, DataX, DataY,
PValues)DataX и DataY. Это строит график значимости как -log10 (p-значение) от входа, PValues. DataX и DataY могут быть векторами, матрицами или объектами DataMatrix. PValues является объектом вектора-столбца или DataMatrix.
SigStructure = mavolcanoplot(DataX, DataY, PValues)SigStructure сортируются по p-значению и включают:
NamePCutoffFCThresholdGeneLabelsPValuesFoldChanges
Примечание
Поля PValues и FoldChanges будут либо векторами, либо объектами DataMatrix в зависимости от типа входа PValues.
... маволканоплот (..., задает необязательные свойства, которые используют имя свойства/ значение пар в любом порядке. Эти имя свойства/ значение пары следующие:'PropertyName', PropertyValue, ...)
... mavolcanoplot(..., 'Labels', позволяет вам предоставить массив ячеек из векторов символов или строкового вектора, содержащего метки (обычно имена генов или идентификаторы набора зондов) для данных. После создания графика можно кликнуть точку данных, чтобы отобразить связанную с ней метку. Если вы не предоставляете LabelsValue,
...)LabelsValueточки данных маркируются номерами строк из DataX и DataY.
... mavolcanoplot(..., 'LogTrans', управляет преобразованием данных из LogTransValue,
...)DataX и DataY в шкалу log2. Когда LogTransValue является true, mavolcanoplot преобразует данные из натуральных в шкалу log2. По умолчанию это false, который предполагает, что данные уже являются шкалой log2.
... mavolcanoplot(..., 'PCutoff', позволяет задать срез p-значений для определения статистически значимых точек данных. Это значение графически отображается как горизонтальная линия на графике. По умолчанию это PCutoffValue, ...)0.05, что эквивалентно 1.3010 по шкале -log10 (p-значение).
Примечание
После создания графика можно также изменить срез p-значения в интерактивном режиме.
... mavolcanoplot(..., 'Foldchange', позволяет задать изменение складки коэффициента для определения точек данных, которые дифференциально выражены. Изменения сгиба отображаются графически как две вертикальные линии на графике. По умолчанию это FoldchangeValue,
...)2, что соответствует отношению 1 и -1 по шкале log2 (ratio).
Примечание
После создания графика изменение складки можно также изменить в интерактивном режиме.
... mavolcanoplot(..., 'PlotOnly', управляет отображением графика вулкана без компонентов пользовательского интерфейса. Варианты PlotOnlyValue,
...)true или false (по умолчанию).
Примечание
Если вы задаете 'PlotOnly' свойство к trueможно по-прежнему отображать метки для точек данных, нажимая на точку данных, и можно по-прежнему корректировать вертикальные линии изменения сгиба и горизонтальные линии отсечения p-значения путем перетаскивания линий.
На графике вулкана отображается следующее:
-log10 (p-значение) от лог2 (отношение) график поля точек генов
Две вертикальные линии изменения складки на уровне изменения складки 2, что соответствует отношению 1 и -1 по шкале log2 (коэффициент). (Линии будут на разных уровнях изменения сгиба, если вы использовали
'Foldchange'свойство.)Одна горизонтальная линия на уровне 0,05 p-значения, которая эквивалентна 1.3010 по шкале -log10 (p-значение). (Строка будет на другом уровне p-значения, если вы использовали
'PCutoff'свойство.)
После отображения графика поля точек вулканов можно в интерактивном режиме:
Отрегулируйте вертикальные линии поворота путем перетаскивания одной строки или ввода значения в Fold Change текстовое поле.
Отрегулируйте горизонтальную линию отсечения значения p путем перетаскивания мыши или ввода значения в p-value Cutoff текстовое поле.
Отображение меток для точек данных путем щелчка по точке данных.
Выберите ген из списка Up Regulated или Down Regulated, чтобы выделить соответствующую точку данных на графике. Нажмите и удерживайте Ctrl или Shift, чтобы выбрать несколько генов.
Изменение масштаба графика путем выбора Tools > Zoom In или Tools > Zoom Out.
Просмотрите списки значительно повышенных и пониженных генов и связанных с ними p-значений и, необязательно, экспортируйте метки, p-значения и складывайте изменения в структуру в MATLAB® Рабочая область, нажав Export.
Примеры
Загрузите MAT-файл, включенный в программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, которое содержит Affymetrix® переменные данных, включая
dependentDataиindependentData, две матрицы значений экспрессии генов из двух экспериментальных условий.load prostatecancerexpdataИспользуйте
mattestфункция для вычисления значений p-экспрессии генов в двух матрицах.pvalues = mattest(dependentData, independentData);
Используя две матрицы,
pvaluesвычисляется поmattest, иprobesetIDsвектор-столбец предоставленных меток, используйтеmavolcanoplotсоздать отношение значимости к экспрессии генов графика поля точек из микромассива данных двух экспериментальных условий.mavolcanoplot(dependentData, independentData, pvalues,... 'Labels', probesetIDs)
Просмотр графика вулкана без компонентов пользовательского интерфейса.
mavolcanoplot(dependentData, independentData, pvalues,... 'Labels', probesetIDs,'Plotonly', true)
The prostatecancerexpdata.mat файл, используемый в предыдущем примере, содержит данные Best et al., 2005.
Ссылки
[1] Cui, X., Churchill, G.A. (2003). Статистические тесты на дифференциальную экспрессию в экспериментах с микромассивами кДНК. Биология генома 4, 210.
[2] Best, C.J.M., Gillespie, J.W., Yi, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Собери, Я., Эриксон, Х.С., Георгиевич, Л., Тангрея, М.А., Duray, P.H., Gonsalez, S., Velasco, A., Linehan, W.M., Matusik, R.J., Price, D.K., Figg, W.D., Emmert-Buck, M.R., and Chuaqui, R.F. (2005). Молекулярные изменения при первичном раке предстательной железы после андрогенной абляции. Клинические исследования рака 11, 6823-6834.
См. также
maboxplot | maimage | mainvarsetnorm | mairplot | maloglog | malowess | manorm | mapcaplot | mattest