nmercount

Количество n-меров в нуклеотидной или аминокислотной последовательности

Синтаксис

Nmer = nmercount(Seq, Length) Nmer = nmercount(Seq, Length, C)

Входные параметры

Seq

Одно из следующих:

Вектор символов или строка, задающая нуклеотидную последовательность или аминокислотную последовательность. Для действительных буквенных кодов смотрите таблицу Сопоставление нуклеотидных буквенных кодов с целыми числами или таблицу Сопоставление аминокислотных буквенных кодов с целыми числами.
MATLAB^® структура, содержащая Sequence поле, которое содержит нуклеотидную последовательность или аминокислотную последовательность, такую как возвращенная fastaread, fastqread, emblread, getembl, genbankread, getgenbank, getgenpept, genpeptread, getpdb, или pdbread.

Length

Целое число, задающее длину n-mer для подсчета.

Выходные аргументы

Nmer Массив ячеек, содержащий n-mer счетчики в Seq.

Описание

Nmer = nmercount(Seq, Length) подсчитывает n-mers или шаблоны определенной длины в Seqнуклеотидная последовательность или аминокислотная последовательность и возвраты n-mer отсчета в массив ячеек.

Nmer = nmercount(Seq, Length, C) возвращает только n-меры с величиной, по крайней мере C.

Примеры

Используйте getgenpept функция для извлечения аминокислотной последовательности для рецептора инсулина человека.
```
S = getgenpept('AAA59174','SequenceOnly',true);
```

Подсчитайте количество четырех меров в аминокислотной последовательности и отобразите первые 20 строк в массиве ячеек.

nmers = nmercount(S,4);
nmers(1:20,:)

ans = 
    'APES'    [2]
    'DFRD'    [2]
    'ESLK'    [2]
    'FRDL'    [2]
    'GNYS'    [2]
    'LKEL'    [2]
    'SHCQ'    [2]
    'SLKD'    [2]
    'SVRI'    [2]
    'TDYL'    [2]
    'TSLA'    [2]
    'TVIN'    [2]
    'VING'    [2]
    'VPLD'    [2]
    'YALV'    [2]
    'AAAA'    [1]
    'AAAP'    [1]
    'AAEI'    [1]
    'AAEL'    [1]
    'AAFP'    [1]

См. также

aacount | basecount | codoncount | dimercount

Представлено до R2006a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.