Графические свойства аминокислотной последовательности
proteinpropplot (SeqAA)
proteinpropplot(SeqAA,
...'PropertyTitle', PropertyTitleValue, ...)
proteinpropplot(SeqAA,
...'Startat', StartatValue, ...)
proteinpropplot(SeqAA,
...'Endat', EndatValue, ...)
proteinpropplot(SeqAA,
...'Smoothing', SmoothingValue, ...)
proteinpropplot(SeqAA,
...'EdgeWeight', EdgeWeightValue, ...)
proteinpropplot(SeqAA,
...'WindowLength', WindowLengthValue, ...)
SeqAA | Аминокислотная последовательность. Введите любое из следующих значений:
|
PropertyTitleValue | Вектор символов, задающая свойство для построения графика. По умолчанию это Hydrophobicity (Kyte & Doolittle). Чтобы отобразить список свойств для построения, введите пустой символьный вектор или пустую строку для PropertyTitleValue. Для примера введите:proteinpropplot(sequence, 'propertytitle', '') Совет Чтобы получить доступ к ссылкам для свойств, просмотрите |
StartatValue | Целое число, которое задает начальную точку для графика с N-концевого конца аминокислотной последовательности SeqAA. По умолчанию это 1. |
EndatValue | Целое число, которое задает конечную точку для графика с N-концевого конца аминокислотной последовательности SeqAA. По умолчанию это длина . |
SmoothingValue | Вектор символов или строка, задающая метод сглаживания. Варианты:
|
EdgeWeightValue | Значение, которое задает вес ребра, используемый для линейных и экспоненциальных методов сглаживания. Уменьшение этого значения подчеркивает peaks на графике. Варианты являются любым значением ≥0 и ≤1. По умолчанию это 1. |
WindowLengthValue | Целое число, задающее длину окна для метода сглаживания. Увеличение этого значения дает более плавный график, который показывает меньше деталей. По умолчанию это 11. |
proteinpropplot ( отображает график гидрофобности (Kyte and Doolittle, 1982) остатков последовательно SeqAA)SeqAA.
proteinpropplot вызывает (SeqAA... 'PropertyName', PropertyValue, ...)proteinpropplot с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
proteinpropplot( задает свойство для построения графика аминокислотной последовательности SeqAA,
...'PropertyTitle', PropertyTitleValue, ...)SeqAA. По умолчанию это Hydrophobicity (Kyte & Doolittle). Чтобы отобразить список возможных свойств для построения графика, введите пустой символьный вектор или пустую строку для PropertyTitleValue. Для примера введите:
proteinpropplot(sequence, 'propertytitle', '')
Совет
Чтобы получить доступ к ссылкам для свойств, просмотрите proteinpropplot файл.
proteinpropplot( задает начальную точку для графика от N-концевого конца аминокислотной последовательности SeqAA,
...'Startat', StartatValue, ...)SeqAA. По умолчанию это 1.
proteinpropplot( задает конечную точку для графика от N-концевого конца аминокислотной последовательности SeqAA,
...'Endat', EndatValue, ...)SeqAA. По умолчанию это длина .(SeqAA)
proteinpropplot( задает метод сглаживания. Варианты: SeqAA,
...'Smoothing', SmoothingValue, ...)
linear (по умолчанию)
exponential
lowess
proteinpropplot( задает вес ребра, используемый для линейных и экспоненциальных методов сглаживания. Уменьшение этого значения подчеркивает peaks на графике. Варианты являются любым значением SeqAA,
...'EdgeWeight', EdgeWeightValue, ...)≥0 и ≤1. По умолчанию это 1.
proteinpropplot( задает длину окна для метода сглаживания. Увеличение этого значения дает более плавный график, который показывает меньше деталей. По умолчанию это SeqAA,
...'WindowLength', WindowLengthValue, ...)11.
Используйте getpdb функция для извлечения белковой последовательности.
prion = getpdb('1HJM', 'SEQUENCEONLY', true);Постройте график гидрофобности (Kyte and Doolittle, 1982) остатков в последовательности.
proteinpropplot(prion)
Используйте getgenpept функция для извлечения белковой последовательности.
s = getgenpept('aad50640');Постройте график конформационных выборов параллельной бета-цепи для остатков в последовательности.
proteinpropplot(s,'propertytitle','Parallel beta strand')
[1] Kyte, J. and Doolittle, R.F. (1982). Простой метод отображения гидропатического символа белка. J Mol Biol 157 (1), 105-132.
aacount | atomiccomp | molviewer | molweight | pdbdistplot | plotyy | proteinplot | ramachandran | seqviewer