proteinpropplot

Графические свойства аминокислотной последовательности

Синтаксис

proteinpropplot (SeqAA) proteinpropplot(SeqAA, ...'PropertyTitle', PropertyTitleValue, ...) proteinpropplot(SeqAA, ...'Startat', StartatValue, ...) proteinpropplot(SeqAA, ...'Endat', EndatValue, ...) proteinpropplot(SeqAA, ...'Smoothing', SmoothingValue, ...) proteinpropplot(SeqAA, ...'EdgeWeight', EdgeWeightValue, ...) proteinpropplot(SeqAA, ...'WindowLength', WindowLengthValue, ...)

Аргументы

`SeqAA`	Аминокислотная последовательность. Введите любое из следующих значений: Вектор символов или строка, содержащая буквы, представляющие аминокислоту Вектор целых чисел, представляющих аминокислоту, такой как возвращенный `aa2int` Структура, содержащая `Sequence` поле, которое содержит аминокислотную последовательность, такую как возвращенная `getembl`, `getgenpept`, или `getpdb`
`PropertyTitleValue`	Вектор символов, задающая свойство для построения графика. По умолчанию это `Hydrophobicity (Kyte & Doolittle)`. Чтобы отобразить список свойств для построения, введите пустой символьный вектор или пустую строку для `PropertyTitleValue`. Для примера введите: proteinpropplot(sequence, 'propertytitle', '') Совет Чтобы получить доступ к ссылкам для свойств, просмотрите `proteinpropplot` файл.
`StartatValue`	Целое число, которое задает начальную точку для графика с N-концевого конца аминокислотной последовательности `SeqAA`. По умолчанию это `1`.
`EndatValue`	Целое число, которое задает конечную точку для графика с N-концевого конца аминокислотной последовательности `SeqAA`. По умолчанию это `длина (SeqAA)`.
`SmoothingValue`	Вектор символов или строка, задающая метод сглаживания. Варианты: `linear` (по умолчанию) `exponential` `lowess`
`EdgeWeightValue`	Значение, которое задает вес ребра, используемый для линейных и экспоненциальных методов сглаживания. Уменьшение этого значения подчеркивает peaks на графике. Варианты являются любым значением `≥0` и `≤1`. По умолчанию это `1`.
`WindowLengthValue`	Целое число, задающее длину окна для метода сглаживания. Увеличение этого значения дает более плавный график, который показывает меньше деталей. По умолчанию это `11`.

Описание

proteinpropplot (SeqAA) отображает график гидрофобности (Kyte and Doolittle, 1982) остатков последовательно SeqAA.

proteinpropplot (SeqAA... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает proteinpropplot с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

proteinpropplot(SeqAA, ...'PropertyTitle', PropertyTitleValue, ...) задает свойство для построения графика аминокислотной последовательности SeqAA. По умолчанию это Hydrophobicity (Kyte & Doolittle). Чтобы отобразить список возможных свойств для построения графика, введите пустой символьный вектор или пустую строку для PropertyTitleValue. Для примера введите:

proteinpropplot(sequence, 'propertytitle', '')

Совет

Чтобы получить доступ к ссылкам для свойств, просмотрите proteinpropplot файл.

proteinpropplot(SeqAA, ...'Startat', StartatValue, ...) задает начальную точку для графика от N-концевого конца аминокислотной последовательности SeqAA. По умолчанию это 1.

proteinpropplot(SeqAA, ...'Endat', EndatValue, ...) задает конечную точку для графика от N-концевого конца аминокислотной последовательности SeqAA. По умолчанию это длина (SeqAA).

proteinpropplot(SeqAA, ...'Smoothing', SmoothingValue, ...) задает метод сглаживания. Варианты:

linear (по умолчанию)
exponential
lowess

proteinpropplot(SeqAA, ...'EdgeWeight', EdgeWeightValue, ...) задает вес ребра, используемый для линейных и экспоненциальных методов сглаживания. Уменьшение этого значения подчеркивает peaks на графике. Варианты являются любым значением ≥0 и ≤1. По умолчанию это 1.

proteinpropplot(SeqAA, ...'WindowLength', WindowLengthValue, ...) задает длину окна для метода сглаживания. Увеличение этого значения дает более плавный график, который показывает меньше деталей. По умолчанию это 11.

Примеры

Пример 62. Графическое изображение гидрофобности

Используйте getpdb функция для извлечения белковой последовательности.
```
prion = getpdb('1HJM', 'SEQUENCEONLY', true);
```
Постройте график гидрофобности (Kyte and Doolittle, 1982) остатков в последовательности.
```
proteinpropplot(prion)
```

Пример 63. Графическое изображение параллельной бета-цепи

Используйте getgenpept функция для извлечения белковой последовательности.
```
s = getgenpept('aad50640');
```
Постройте график конформационных выборов параллельной бета-цепи для остатков в последовательности.
```
proteinpropplot(s,'propertytitle','Parallel beta strand')
```

Ссылки

[1] Kyte, J. and Doolittle, R.F. (1982). Простой метод отображения гидропатического символа белка. J Mol Biol 157 (1), 105-132.

См. также

Введенный в R2007a

Документация