Можно использовать набор методов анализа белка, чтобы извлечь информацию из ваших данных. Можно определить характеристики белка и симулировать реакции расщепления фермента. Тулбокс обеспечивает функции для вычисления различных свойств белковой последовательности, таких как атомарная композиция (atomiccomp), молекулярная масса (molweight), и изоэлектрическая точка (isoelectric). Можно расщепить белок ферментом (cleave, rebasecuts) и создать графики расстояния и Рамачандран для данных PDB (pdbdistplot, ramachandran). Тулбокс содержит графический пользовательский интерфейс для анализа белка (proteinplot) и графическое изображение 3-D белка и других молекулярных структур с помощью информации из файлов модели молекул, таких как файлы PDB (molviewer).
Утилиты аминокислотной последовательности - Вычисляет статистику аминокислот для последовательности (aacount) и получить информацию о символьных кодах (aminolookup).