nmercount

Считайте n-mers в нуклеотиде или последовательности аминокислот

Синтаксис

Nmer = nmercount(Seq, Length)
Nmer = nmercount(Seq, Length, C)

Входные параметры

Seq

Одно из следующего:

Length

Целое число, задающее длину n-mer, чтобы рассчитать.

Выходные аргументы

NmerМассив ячеек, содержащий n-mer, рассчитывает в Seq.

Описание

Nmer = nmercount(Seq, Length) считает n-mers или шаблоны определенной длины в Seq, последовательность нуклеотида или последовательность аминокислот, и возвращают количества n-mer в массиве ячеек.

Nmer = nmercount(Seq, Length, C) возвращает только n-mers с кардинальностью, по крайней мере, C.

Примеры

  1. Используйте getgenpept функция, чтобы получить последовательность аминокислот для человеческого приемника инсулина.

    S = getgenpept('AAA59174','SequenceOnly',true);
  2. Считайте количество четырех-mers в последовательности аминокислот и отобразите первые 20 строк в массиве ячеек.

    nmers = nmercount(S,4);
    nmers(1:20,:)
    
    ans = 
        'APES'    [2]
        'DFRD'    [2]
        'ESLK'    [2]
        'FRDL'    [2]
        'GNYS'    [2]
        'LKEL'    [2]
        'SHCQ'    [2]
        'SLKD'    [2]
        'SVRI'    [2]
        'TDYL'    [2]
        'TSLA'    [2]
        'TVIN'    [2]
        'VING'    [2]
        'VPLD'    [2]
        'YALV'    [2]
        'AAAA'    [1]
        'AAAP'    [1]
        'AAEI'    [1]
        'AAEL'    [1]
        'AAFP'    [1]
    

Смотрите также

| | |

Представлено до R2006a
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте