Считайте n-mers в нуклеотиде или последовательности аминокислот
Nmer
= nmercount(Seq
, Length
)
Nmer
= nmercount(Seq
, Length
, C
)
Seq | Одно из следующего:
|
Length | Целое число, задающее длину n-mer, чтобы рассчитать. |
Nmer | Массив ячеек, содержащий n-mer, рассчитывает в Seq . |
считает n-mers или шаблоны определенной длины в Nmer
= nmercount(Seq
, Length
)Seq
, последовательность нуклеотида или последовательность аминокислот, и возвращают количества n-mer в массиве ячеек.
возвращает только n-mers с кардинальностью, по крайней мере, Nmer
= nmercount(Seq
, Length
, C
)C
.
Используйте getgenpept
функция, чтобы получить последовательность аминокислот для человеческого приемника инсулина.
S = getgenpept('AAA59174','SequenceOnly',true);
Считайте количество четырех-mers в последовательности аминокислот и отобразите первые 20 строк в массиве ячеек.
nmers = nmercount(S,4); nmers(1:20,:) ans = 'APES' [2] 'DFRD' [2] 'ESLK' [2] 'FRDL' [2] 'GNYS' [2] 'LKEL' [2] 'SHCQ' [2] 'SLKD' [2] 'SVRI' [2] 'TDYL' [2] 'TSLA' [2] 'TVIN' [2] 'VING' [2] 'VPLD' [2] 'YALV' [2] 'AAAA' [1] 'AAAP' [1] 'AAEI' [1] 'AAEL' [1] 'AAFP' [1]
aacount
| basecount
| codoncount
| dimercount