Филогенетический анализ - это процесс, который используется для определения эволюционных отношений между организмами. Результаты анализа можно нарисовать на иерархической диаграмме, называемой кладограммой или филограммой (филогенетическим деревом). Ветви в дереве основаны на гипотетических эволюционных отношениях (филогении) между организмами. Предполагается, что каждый член ветви, также известный как монофилетическая группа, происходит от общего предка. Первоначально филогенетические деревья создавались с использованием морфологии, но теперь определение эволюционных отношений включает закономерности сопоставления в последовательностях нуклеиновых кислот и белков. Toolbox™ биоинформатики предоставляет следующую структуру данных и функции для филогенетического анализа.
Данные филогенетического дерева - чтение и запись файлов дерева в формате Newick (phytreeread, phytreewrite) в рабочую область MATLAB ® как объекты филогенетического дерева (phytree).
Создать филогенетическое дерево - рассчитать попарно расстояние между биологическими последовательностями (seqpdist), оценить коэффициенты замещения (dnds, dndsml), построить филогенетическое дерево из попарных расстояний (seqlinkage, seqneighjoin, reroot) и просмотрите дерево в интерактивном графическом интерфейсе пользователя, который позволяет просматривать, редактировать и исследовать данные (phytreeviewer или view). Этот графический интерфейс также позволяет обрезать ветви, переупорядочивать, переименовывать и исследовать расстояния.
Методы объектов филогенетического дерева - доступ к функциям phytreeviewer пользовательский интерфейс с использованием методов для объекта филогенетического дерева (phytree). Получить значения свойств (get) и имена узлов (getbyname). Рассчитайте патристические расстояния между парами листовых узлов (pdist, weights) и нарисовать объект филогенетического дерева в окне MATLAB Figure в виде филограммы, кладограммы или радиального треплота (plot). Управление данными дерева путем выбора ветвей и листьев с использованием заданного критерия (select, subtree) и удаление узлов (prune). Сравнить деревья (getcanonical) и используйте строки в формате Newick (getnewickstr).