Вы можете манипулировать и анализировать ваши последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических и биологических характеристик ваших данных. Используйте графический интерфейс пользователя (GUI) со многими функциями последовательности на панели инструментов (seqviewer).
Преобразование и манипуляция последовательностями - инструментарий предоставляет процедуры для общих операций, таких как преобразование последовательностей ДНК или РНК в аминокислотные последовательности, которые являются основными для работы с последовательностями нуклеиновых кислот и белков (aa2int, aa2nt, dna2rna, rna2dna, int2aa, int2nt, nt2aa, nt2int, seqcomplement, seqrcomplement, seqreverse).
Вы можете манипулировать своей последовательностью, выполняя расщепление in silico с эндонуклеазами рестрикции (restrict) и протеазы (cleave).
Статистика последовательности - Определение различных статистических данных о последовательности (aacount, basecount, codoncount, dimercount, nmercount, ntdensity, codonbias, cpgisland, oligoprop), поиск конкретных шаблонов в последовательности (seqwordcount) или поиск открытых кадров считывания (seqshoworfs). Кроме того, можно создавать случайные последовательности для тестовых случаев (randseq).
Утилиты Sequence utilities - определение консенсусной последовательности из набора размноженных выровненных аминокислотных, нуклеотидных последовательностей (seqconsensusили профиль последовательности (seqprofile). Форматирование последовательности для отображения (seqdisp) или графически показать выравнивание последовательности с частотными данными (seqlogo).
Дополнительные функции MATLAB ® эффективно обрабатывают строковые операции регулярными выражениями (regexp, seq2regexp) для поиска конкретных шаблонов в последовательности и поиска совпадений строк через библиотеку (seqmatch).
Ищите возможные сайты расщепления в последовательности ДНК/РНК путем поиска палиндромов (palindromes).