graphpred2path

Преобразуйте индексы предшественника в пути

Синтаксис

path = graphpred2path(pred, D)

Аргументы

`pred`	Вектор-строка или матрица индексов предшествующих узлов. Значение корневого (или исходного) узла в `pred` должно быть 0.
`D`	Узел назначения в `pred`.

Описание

Совет

Для получения вводной информации о функциях теории графиков, см. «Функции теории графиков».

path = graphpred2path(pred, D) отслеживает путь путем следования по списку предшественников в pred запуск в узле назначения D.

Значение корневого (или исходного) узла в pred должно быть 0. Если NaN найден при следовании за узлами, graphpred2path возвращает пустой путь.

Если `pred` является...	И `D` является...	Затем `path` является...
Вектор-строка индексов предшествующих узлов	скаляр	Вектор-строка с перечислением узлов из корня (или источника) в `D`.
Вектор-строка индексов предшествующих узлов	Вектор-строка	массив ячеек строк с каждым столбцом, содержащим путь к месту назначения для каждого элемента в `D`.
матрица	скаляр	массив ячеек столбцов с каждой строкой, содержащей путь для каждой строки в `pred`.
матрица	Вектор-строка	матричный массив ячеек с каждой строкой, содержащей пути для соответствующей строки в `pred`, и каждый столбец, содержащий пути к соответствующему месту назначения в `D`.

Примечание

Если D опущен, пути ко всем адресатам вычисляются для каждого предшественника, перечисленного в pred.

Примеры

Создайте объект phytree из файла филогенетического дерева для белка GLR_HUMAN.
```
tr = phytreeread('pf00002.tree')
    Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)
```
Просмотрите объект phytree.
```
view(tr)
```
Из объекта phytree создайте матрицу соединений, чтобы представлять филогенетическое дерево.
```
[CM,labels,dist] = getmatrix(tr);
```

Найдите узлы от корня до одного листа в филогенетическом дереве, созданном из файла филогенетического дерева для белка GLR_HUMAN.

root_loc = size(CM,1)

root_loc =

    65

 glr_loc = strncmp('GLR',labels,3);
 glr_loc_ind = find(glr_loc)

glr_loc_ind =

    12

[T,PRED]=graphminspantree(CM,root_loc);
PATH = graphpred2path(PRED,glr_loc_ind)

PATH =

    65    64    53    52    46    45    44    43    12

Ссылки

[1] Siek, J.G., Lee, L-Q, and Lumsdaine, A. (2002). Руководство пользователя библиотеки График (Upper Saddle River, NJ: Pearson Education).

См. также

Введенный в R2006b

Документация