Представление всех данных в объекте ExpressionSet

Обзор объектов ExpressionSet

Можно хранить все данные эксперимента с микромассивами и информацию в одном объекте, собрав следующее в объект ExpressionSet:

Один объект ExptData, содержащий значения выражения из эксперимента с микромассивами в одном или нескольких объектах DataMatrix
Один объект MetaData, содержащий образец метаданных в двух массивах набора данных
Один объект MetaData, содержащий метаданные функций в двух массивах набора данных
Один объект MIAME, содержащий описания экспериментов

Следующий рисунок иллюстрирует типичный объект ExpressionSet и его объекты компонента.

Каждый элемент (объект DataMatrix) в объекте ExpressionSet имеет имя элемента. Кроме того, всегда существует один объект DataMatrix, имя элемента которого Expressions.

Объект ExpressionSet позволяет хранить, управлять и подставлять данные эксперимента по экспрессии генов микромассивов. Объект ExpressionSet включает свойства и методы, которые позволяют вам получать, извлекать и изменять данные, метаданные и другую информацию об эксперименте с микромассивами. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа данных. Список свойств и методов см. в разделе Класс ExpressionSet.

Построение объектов ExpressionSet

Примечание

Следующая процедура предполагает выполнение кода примера в предыдущих разделах:

Импортируйте bioma упаковать так, чтобы ExpressionSet функция конструктора доступна.
```
import bioma.*
```
Создайте объект ExpressionSet из EDObj, объект ExptData, MDObj2, объект MetaData, содержащий выборку переменную информацию, и MIAMEObj, объект MIAME.
```
ESObj = ExpressionSet(EDObj, 'SData', MDObj2, 'EInfo', MIAMEObj1);
```

Отображение информации об объекте ExpressionSet, ESObj.

ESObj

ExpressionSet
Experiment Data: 500 features, 26 samples
  Element names: Expressions
Sample Data:
    Sample names:     A, B, ...,Z (26 total)
    Sample variable names and meta information: 
        Gender:  Gender of the mouse in study
        Age:  The number of weeks since mouse birth
        Type:  Genetic characters
        Strain:  The mouse strain
        Source:  The tissue source for RNA collection
Feature Data: none
Experiment Information: use 'exptInfo(obj)'

Полную информацию о построении объектов ExpressionSet см. в классе ExpressionSet.

Использование свойств объекта ExpressionSet

Для доступа к свойствам объекта ExpressionSet используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname

Для примера, чтобы определить количество выборок в объекте ExpressionSet:

ESObj.NSamples

ans =

    26

Примечание

Имена свойства учитываются в регистре. Список и описание всех свойств объекта ExpressionSet см. в разделе Класс ExpressionSet.

Использование методов объекта ExpressionSet

Чтобы использовать методы объекта ExpressionSet, используйте любой из следующих синтаксисов:

objectname.methodname

или

methodname(objectname)

Для примера, чтобы получить имена образцов переменных из объекта ExpressionSet:

ESObj.sampleVarNames

ans = 

    'Gender'    'Age'    'Type'    'Strain'    'Source'

Чтобы получить информацию об эксперименте, содержащуюся в объекте ExpressionSet:

exptInfo(ESObj)

ans = 

Experiment description
  Author name: Mika,,Silvennoinen
Riikka,,KivelÃ¤
Maarit,,Lehti
Anna-Maria,,Touvras
Jyrki,,Komulainen
Veikko,,Vihko
Heikki,,Kainulainen
  Laboratory: XYZ Lab
  Contact information: Mika,,Silvennoinen
  URL: 
  PubMedIDs: 17003243
  Abstract: A 90 word abstract is available Use the Abstract property.
  Experiment Design: A 234 word summary is available Use the ExptDesign property.
  Other notes: 
    [1x80 char]

Примечание

Полный список методов объекта ExpressionSet см. в классе ExpressionSet.

Документация