Среда MATLAB® широко используется для анализа микроданных массива, включая чтение, фильтрацию, нормализацию и визуализацию микроданных массива. Однако стандартная нормализация и инструменты визуализации, которые используют ученые, могут затруднить реализацию. Тулбокс включает эти стандартные функции:
Микроданные массива — Чтение файлы Affymetrix® GeneChip® (affyread
) и отобразите данные на графике (probesetplot
), файлы результатов ImaGene® (imageneread
), файлы SPOT (sptread
) и файлы сканера Agilent® микромассивов (agferead
). Считайте файлы GenePix® GPR (gprread
) и файлы GAL (galread
). Получите данные Gene Expression Omnibus (GEO) из сети (getgeodata
) и считанные ГЕО данные из файлов (geosoftread
).
Служебная функция (magetfield
) данные об извлечениях из одной из функций читателя микромассивов (gprread
, agferead
, sptread
, imageneread
).
Нормализация микромассивов и фильтрующий — тулбокс предоставляет много методов для нормализации микроданных массива, таких как нормализация lowess (malowess
) и средняя нормализация (manorm
), или через несколько массивов (quantilenorm
). Можно использовать функции фильтрации, чтобы убрать необработанные данные перед анализом (geneentropyfilter
, genelowvalfilter
, generangefilter
, genevarfilter
), и вычислите область значений и отклонение значений (exprprofrange
, exprprofvar
).
Визуализация микромассивов — тулбокс содержит стандартные программы для визуализации микроданных массива. Эти стандартные программы включают пространственные графики микроданных массива (maimage
, redgreencmap
), диаграммы (maboxplot
), loglog графики (maloglog
), и графики отношения интенсивности (mairplot
). Можно также посмотреть кластеризируемые профили выражения (clustergram
, redgreencmap
). Можно создать 2D графики рассеивания основных компонентов из данных микромассивов (mapcaplot
).
Служебные функции микромассивов — Использование следующие функции, чтобы работать с наборами данных Affymetrix GeneChip. Получите информацию библиотеки для зонда (probelibraryinfo
), информация о гене от тестового набора (probesetlookup
), и зонд установил значения от CEL и информации CDF (probesetvalues
). Покажите тестовую информацию о наборе от Аналитического Центра NetAffx™ (probesetlink
) и постройте установленные значения зонда (probesetplot
).
Доступы к тулбоксу статистические стандартные программы, чтобы выполнить кластерный анализ и визуализировать результаты, и можно просмотреть данные посредством статистической визуализации, такой как древовидные схемы, классификация и деревья регрессии.