Филогенетический анализ является процессом, который вы используете, чтобы определить эволюционные отношения между организмами. Результаты анализа могут чертиться в иерархической схеме, названной кладограммой или phylogram (филогенетическое дерево). Ветви в дереве основаны на предполагавшихся эволюционных отношениях (филогения) между организмами. Каждый член в ветви, также известной как монофилетическую группу, принят, чтобы произойти от общего предка. Первоначально, филогенетические деревья были созданы с помощью морфологии, но теперь, определение эволюционных отношений включает соответствие с шаблонами в последовательности белка и нуклеиновую кислоту. Bioinformatics Toolbox™ обеспечивает следующую структуру данных и функции для филогенетического анализа.
Филогенетические древовидные данные — Чтение и записывает Newick-отформатированные древовидные файлы (phytreeread
, phytreewrite
) в MATLAB® Workspace, когда возражает филогенетическое дерево (phytree
).
Создайте филогенетическое дерево — Вычисляют попарное расстояние между биологическими последовательностями (seqpdist
), оцените уровни замены (dnds
, dndsml
), создайте филогенетическое дерево из попарных расстояний (seqlinkage
, seqneighjoin
, reroot
), и представление дерево в интерактивном графический интерфейсе пользователя, который позволяет вам просматривать, отредактируйте и исследуйте данные (phytreeviewer
или view
). Этот графический интерфейс пользователя также позволяет вам сокращать ветви, переупорядочивать, переименовывать и исследовать расстояния.
Филогенетические древовидные методы объекта — можно получить доступ к функциональности phytreeviewer
методы использования пользовательского интерфейса для филогенетического древовидного объекта (phytree
). Получите значения свойств (get
) и имена узла (getbyname
). Вычислите принадлежащие отцам церкви расстояния между парами вершин (pdist
, weights
) и чертите филогенетический древовидный объект в Графическом окне MATLAB как phylogram, кладограмма или радиальный treeplot (plot
). Управляйте древовидными данными путем выбора ветвей и листов с помощью заданного критерия (select
, subtree
) и удаление узлов (prune
). Сравните деревья (getcanonical
) и используйте Newick-отформатированные-строки (getnewickstr
).