Можно управлять и анализировать последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических, и биологических характеристик данных. Используйте графический интерфейс пользователя (GUI) со многими функциями последовательности в тулбоксе (seqviewer
).
Преобразование последовательности и манипуляция — тулбокс обеспечивает стандартные программы для общих операций, таких как преобразование ДНК или последовательностей RNA к последовательностям аминокислот, которые являются основными к работе с нуклеиновой кислотой и последовательностями белка (aa2int
, aa2nt
, dna2rna
, rna2dna
, int2aa
, int2nt
, nt2aa
, nt2int
, seqcomplement
, seqrcomplement
, seqreverse
).
Можно управлять последовательностью путем выполнения в silico пищеварении с эндонуклеазами ограничения (restrict
) и протеазы (cleave
).
Статистические данные последовательности — Определяют различную статистику о последовательности (aacount
, basecount
, codoncount
, dimercount
, nmercount
, ntdensity
, codonbias
, cpgisland
, oligoprop
), ищите определенные шаблоны в последовательности (seqwordcount
), или ищите открытые рамки считывания (seqshoworfs
). Кроме того, можно создать случайные последовательности для тестов (randseq
).
Утилиты последовательности — Решают, что последовательность согласия от ряда умножает выровненную аминокислоту, последовательности нуклеотида (seqconsensus
, или профиль последовательности (seqprofile
). Отформатируйте последовательность для отображения (seqdisp
) или графически покажите выравнивание последовательности с данными о частоте (seqlogo
).
Дополнительные функции MATLAB® эффективно обрабатывают строковые операции с регулярными выражениями (regexp
, seq2regexp
) искать определенные шаблоны в последовательности и перерыть библиотеку для соответствий строки (seqmatch
).
Ищите возможные сайты разламывания в последовательности DNA/RNA путем поиска палиндромов (palindromes
).