Предварительная обработка
Подготовьте данные необработанных микромассивов для анализа с помощью корректировки фона, нормализации и фильтрации выражений; обширная предварительная обработка Affymetrix® и Illumina® данные. Извлечение аннотаций зондов из файлов библиотеки
Функции
affyrma | Выполните процедуру Robust Multi-array Average (RMA) для данных уровня зонда микромассива Affymetrix |
affygcrma | Выполните процедуру GC Robust Multi-array Average (GCRMA) на данных уровня зонда микромассива Affymetrix |
affyinvarsetnorm | Выполните нормализацию инвариантного набора рангов при интенсивности зонда из нескольких файлов Affymetrix CEL или DAT |
affyprobeaffinities | Вычисление сродства зондов Affymetrix от их последовательностей и интенсивности зондов MM |
affysnpintensitysplit | Информация о интенсивности зонда Split Affymetrix SNP для аллелей A и B |
affysnpquartets | Составьте таблицу результатов квартета зонда SNP для набора зондов Affymetrix |
probesetvalues | Составьте таблицу значений интенсивности набора зондов Affymetrix |
probesetlookup | Проверьте информацию для набора зондов Affymetrix |
probesetplot | Постройте график набора значений интенсивности зонда Affymetrix |
probesetlink | Отображение информации о наборе зондов на веб-сайте NetAffx |
probelibraryinfo | Составьте таблицу сведений о библиотеке набора зондов |
rmabackadj | Выполните настройку фона на данных уровня зонда микромассивов Affymetrix с помощью процедуры Robust Multi-array Average (RMA) |
rmasummary | Вычислите значения экспрессии генов из данных уровня зонда микромассивов Affymetrix с помощью процедуры Robust Multi-array Average (RMA) |
gcrma | Выполните настройку фона GC Robust Мультимассива Среднего значения (GCRMA), нормализацию квантиля и медианное суммирование по данным Affymetrix микромассива уровня зонда |
gcrmabackadj | Выполните настройку фона GC Robust Multi-array Average (GCRMA) на данных уровня зонда микромассива Affymetrix с использованием информации о последовательности |
zonebackadj | Выполните настройку фона на данных уровня зонда микромассивов Affymetrix с помощью зонального метода |
manorm | Нормализуйте данные микромассивов |
quantilenorm | Нормализация квантиля по нескольким массивам |
mainvarsetnorm | Выполните ранговую инвариантную нормализацию набора по значениям экспрессии генов из двух экспериментальных условий или фенотипов |
malowess | Сглаживайте данные микромассивов с помощью метода Lowess |
exprprofrange | Вычислите область значений профилей экспрессии генов |
exprprofvar | Вычислите отклонение профилей экспрессии генов |
geneentropyfilter | Удалите гены с низкими значениями экспрессии энтропии |
genelowvalfilter | Удалите профили генов с низкими абсолютными значениями |
generangefilter | Удалите профили генов с небольшими областями значений профилей |
genevarfilter | Фильтруйте гены с небольшим отклонением профиля |
maimage | Пространственное изображение для данных микромассивов |
microplateplot | Отображение визуализации микротитровой пластины |
ilmnbslookup | Просмотр целевой последовательности (зонда) Illumina BeadStudio и информации о аннотации |
magetfield | Извлеките данные из структуры микромассивов |
