Генетический анализ вариантов
Найти, проанализировать и визуализировать генетические варианты, такие как изменения числа копий (CNV) и полиморфизмы с одним нуклеотидом (SNP)
Функции
cghcbs | Выполните круговую двоичную сегментацию (CBS) на основе массивов данных сравнительной геномной гибридизации (aCGH) |
cghfreqplot | Частота отображения изменений числа копий ДНК на нескольких выборках |
chromosomeplot | Постройте хромосомную идеограмму с шаблоном G-banding |
gcrma | Выполните настройку фона GC Robust Мультимассива Среднего значения (GCRMA), нормализацию квантиля и медианное суммирование по данным Affymetrix микромассива уровня зонда |
gcrmabackadj | Выполните настройку фона GC Robust Multi-array Average (GCRMA) на данных уровня зонда микромассива Affymetrix с использованием информации о последовательности |
mattest | Выполните t-тест с двумя образцами, чтобы оценить дифференциальную экспрессию генов из двух экспериментальных условий или фенотипов |
mafdr | Оцените положительную частоту ложных открытий для многократной проверки гипотез |
mavolcanoplot | Создайте соотношение значимости и экспрессии генов (изменение складки) графика поля точек данных о микромассиве |
mairplot | Создайте график поля точек интенсивности от отношения микромассива данных |
maboxplot | Создайте прямоугольный график для данных микромассивов |
maloglog | Создайте логарифмический график данных микромассивов |
mapcaplot | Создайте график анализа основных компонентов (PCA) данных микромассивов |
nbintest | Непарный тест гипотезы для данных подсчета с небольшими размерами выборки |
Классы
DataMatrix | Создайте объект DataMatrix |
DataMatrix object | Структура данных, инкапсулирующая данные и метаданные из эксперимента с микромассивами, чтобы ее можно было индексировать по идентификаторам генов или зондов и по идентификаторам выборок |
NegativeBinomialTest | Результат непарного теста гипотезы |
