Импорт и управление данными

Импорт данных и аннотаций из Affymetrix® GeneChip®, Иллюмина®, Agilent®, Gene Expression Omnibus (GEO), ImaGene®, SPOT, GenePix® GPR и GAL; управление экспериментальными данными и выборкой метаданных по стандарту MIAME

Функции

affyreadСчитайте данные микромассива из файла Affymetrix GeneChip
affysnpannotreadЧтение данных массива ДНК отображения Affymetrix из файла аннотации CSV-формата
affyprobeseqreadСчитайте файл данных, содержащий информацию о последовательности зондов для массива Affymetrix GeneChip
celintensityreadСчитайте интенсивность зонда из файлов Affymetrix CEL
getgeodataИзвлечение данных формата Gene Expression Omnibus (GEO)
geoseriesreadЧтение данных в формате Gene Expression Omnibus (GEO) Series (GSE)
geosoftreadЧтение данных формата Gene Expression Omnibus (GEO) SOFT
galreadСчитайте данные микромассивов из файла списка массивов GenePix
gprreadСчитайте данные микромассивов из файла GenePix Results (GPR)
agfereadЧтение файла редукции данных Agilent Software
ilmnbsreadСчитайте данные экспрессии генов, экспортированные из программного обеспечения Illumina BeadStudio
imagenereadСчитайте данные микромассивов из файла результатов ImaGene
sptreadСчитайте данные из файла SPOT
goannotreadЧтение аннотаций из аннотированного файла Gene Ontology
cytobandreadЧтение информации о цитогенетическом бандаже

Классы

bioma.ExpressionSetСодержат данные эксперимента по экспрессии генов микромассивов
bioma.data.ExptDataСодержащие значения данных из эксперимента с микромассивами
bioma.data.MetaDataСодержат метаданные из эксперимента с микромассивами
bioma.data.MIAMEСодержащая информацию об эксперименте из эксперимента по экспрессии генов микромассивов

Темы

Управление данными экспрессии генов в объектах

Обзор объектов для данных экспрессии генов микромассивов

Представление значений данных выражения в объектах DataMatrix

Создайте объекты DataMatrix, получите и установите свойства и получите доступ к данным.

Представление значений данных выражения в объектах ExptData

Создайте объекты ExptData, используйте свойства и методы и получайте доступ к данным.

Представление метаданных выборок и функций в объектах MetaData

Создайте объекты MetaData, используйте свойства и методы и получайте доступ к данным.

Представление информации об эксперименте в объекте MIAME

Создайте объекты MIAME, используйте свойства и методы и получайте доступ к данным.

Представление всех данных в объекте ExpressionSet

Создайте объекты ExpressionSet, используйте свойства и методы и получайте доступ к данным.

Обмен данными биоинформатики между Excel и MATLAB

Пример использования Spreadsheet Link™ с программным обеспечением для просмотра биоинформатических данных

Устройство хранения данных микромассивов

Bioinformatics Toolbox™ включает функции, объекты и методы для создания, хранения и доступа к данным микромассивов.

Форматы данных и базы данных

Доступ к онлайновым базам данных и репозиториям с помощью различных MATLAB® функций и импорта данных в рабочую область для последующих анализов.

Рекомендуемые примеры