Выравнивание

Чтение карты в ссылочную последовательность (последовательности)

Выравнивание считываний последовательности к ссылочным последовательностям с помощью Bowtie 1 (bowtie) и Боути 2 (bowtie2) функции выравнивания. Bowtie 1 ориентирован на выравнивание относительно коротких чтений (до 50 п.н.). Bowtie 2 более подходит для чтения дольше 50 п.н. и предоставляет несколько преимуществ, включая поддержку одно- и спаренных чтения, локальную и сквозную поддержку выравнивания, а также пространственное выравнивание с аффинными штрафами.

Функции

`bowtie`	Отображение коротких чтений в ссылочную последовательность с помощью преобразования Берроуза-Уилера
`bowtiebuild`	Создание индекса с помощью преобразования Берроуза-Уилера
`bowtie2`	Считывание последовательности карт в ссылочную последовательность
`bowtie2build`	Создание индексных файлов Bowtie 2 из ссылочных последовательностей
`bowtie2inspect`	Проверка файлов индекса Bowtie 2
`bwaindex`	Создание индексов BWA из ссылочной последовательности
`bwamem`	Последовательность карт считывает в эталонный геном с помощью BWA
`align2cigar`	Преобразование выровненных последовательностей в соответствующие сигнатуры в формате CIGAR
`cigar2align`	Преобразование неориентированных последовательностей в выровненные последовательности с использованием сигнатур в формате CIGAR

Классы

`BioMap`	Содержат данные о последовательности, качестве, выравнивании и сопоставлении
`Bowtie2AlignOptions`	Параметры отображения операций чтения в ссылочную последовательность
`Bowtie2BuildOptions`	Содержат параметры для создания индексных файлов Bowtie 2 из ссылочных последовательностей
`Bowtie2InspectOptions`	Содержат параметры для проверки файлов индекса Bowtie 2
`BWAIndexOptions`	Набор опций для `bwaindex`
`BWAMEMOptions`	Набор опций для `bwamem`

Темы

Визуализация данных NGS с помощью приложения Genomics Viewer

Используйте приложение Genomics Viewer для просмотра данных выравнивания NGS для однонуклеотидных вариаций в гене цитохрома p450.

Пакеты поддержки ПО инструментария для биоинформатики

Загрузите и установите пакеты поддержки биоинформатики для рабочих процессов NGS.

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.