Филогенетический анализ

Реконструкция, просмотр, взаимодействие и редактирование филогенетических деревьев; методы bootstrap для оценки доверия; синонимичный и несинонимичный анализ

Приложения

Phylogenetic TreeВизуализация, редактирование и исследование данных филогенетического дерева

Функции

seqlinkageПостроение филогенетического дерева на парных расстояниях
seqneighjoinСоздайте филогенетическое дерево с помощью метода neighbor-joinning
seqpdistВычислите парное расстояние между последовательностями
phytreeviewerВизуализация, редактирование и исследование данных филогенетического дерева
dndsОценка синонимичных и несинонимических частот замещения
dndsmlОцените синонимичные и несинонимические скорости замещения с помощью метода максимального правдоподобия
gethmmtreeИзвлечение данных филогенетического дерева из базы данных PFAM
seqinsertgapsВставьте зазоры в нуклеотидную или аминокислотную последовательность

Классы

phytreeСоздайте объект phytree
phytree objectСтруктура данных, содержащая филогенетическое дерево

Темы

Филогенетический анализ

Филогенетический анализ - это процесс, который вы используете для определения эволюционных отношений между организмами.

Использование приложения Phylogenetic Tree

Описание команд меню и функций для создания публикуемых древовидных рисунков.

Утилиты и статистика последовательности

Можно манипулировать и анализировать свои последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических и биологических характеристик ваших данных.

Рекомендуемые примеры