Филогенетический анализ - это процесс, который вы используете для определения эволюционных отношений между организмами. Результаты анализа можно нарисовать в иерархической схеме, называемой кладограммой или филограммой (филогенетическим деревом). Ветви в дереве основаны на гипотезированных эволюционных отношениях (филогении) между организмами. Каждый представитель ветви, также известный как монофилетическая группа, принято происходящим от общего предка. Первоначально филогенетические деревья были созданы с использованием морфологии, но теперь определение эволюционных отношений включает совпадающие шаблоны в нуклеиновых кислотных и белковых последовательностях. Bioinformatics Toolbox™ обеспечивает следующую структуру данных и функции для филогенетического анализа.
Филогенетические древовидные данные - Чтение и запись форматированных по Ньюику файлов дерева (phytreeread, phytreewrite) в MATLAB® Рабочая область как объекты филогенетического дерева (phytree).
Создайте филогенетическое дерево - Вычислите парное расстояние между биологическими последовательностями (seqpdist), оценить скорости замещения (dnds, dndsml), построить филогенетическое дерево с парных расстояний (seqlinkage, seqneighjoin, reroot), и просмотреть дерево в интерактивном графическом интерфейсе пользователя, который позволяет вам просматривать, редактировать и исследовать данные (phytreeviewer или view). Этот графический интерфейс пользователя также позволяет вам обрезать ветви, переупорядочивать, переименовывать и исследовать расстояния.
Филогенетические методы объекта дерева - Вы можете получить доступ к функциональности phytreeviewer пользовательский интерфейс с использованием методов для объекта филогенетического дерева (phytree). Получите значения свойств (get) и имена узлов (getbyname). Вычислите святоотеческие расстояния между парами листовых узлов (pdist, weights) и нарисуйте объект филогенетического дерева в графическом окне MATLAB в виде филограммы, кладограммы или радиального треплота (plot). Манипулируйте древовидными данными путем выбора ветвей и листьев с помощью заданного критерия (select, subtree) и удаление узлов (prune). Сравнение деревьев (getcanonical) и использовать строки в формате Newick (getnewickstr).