Можно манипулировать и анализировать свои последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических и биологических характеристик ваших данных. Используйте графический пользовательский интерфейс (GUI) со многими функциями последовательности в тулбоксе (seqviewer).
Преобразование последовательности и манипуляция - тулбокс обеспечивает стандартные программы для общих операций, таких как преобразование последовательностей ДНК или РНК в аминокислотные последовательности, которые являются основополагающими для работы с последовательностями нуклеиновой кислоты и белка (aa2int, aa2nt, dna2rna, rna2dna, int2aa, int2nt, nt2aa, nt2int, seqcomplement, seqrcomplement, seqreverse).
Можно манипулировать своей последовательностью, выполняя пищеварение in silico с рестрикцией эндонуклеаз (restrict) и протеазы (cleave).
Статистика последовательности - Определите различную статистику о последовательности (aacount, basecount, codoncount, dimercount, nmercount, ntdensity, codonbias, cpgisland, oligoprop), поиск конкретных шаблонов в последовательности (seqwordcount), или поиск открытых систем координат чтения (seqshoworfs). В сложение можно создать случайные последовательности для тестов (randseq).
Утилиты последовательности - Определите консенсусную последовательность из набора умноженно выровненных аминокислот, нуклеотидных последовательностей (seqconsensus, или профиль последовательности (seqprofile). Форматируйте последовательность для отображения (seqdisp) или графически показать выравнивание последовательности с частотными данными (seqlogo).
Дополнительный MATLAB® функции эффективно обрабатывают строковые операции с регулярными выражениями (regexp, seq2regexp) для поиска определенных шаблонов в последовательности и поиска по библиотеке по строковым совпадениям (seqmatch).
Проверьте возможные сайты расщепления в последовательности ДНК/РНК путем поиска палиндромов (palindromes).
