Моделируйте ответы на биологическую изменчивость и дозы

Симулируйте биологическую изменчивость, чтобы сравнить виды животных, штаммы или экспериментальные условия, и исследуйте различные стратегии дозирования

Функции

sbiosimulateСимулируйте модель SimBiology
createSimFunctionСоздайте объект SimFunction
sbiodoseСоздайте объект дозы
adddoseДобавьте объект дозы к модели
addobservableДобавьте наблюдаемый объект к модели SimBiology
sbiovariantСоздайте объект варианта
addvariantДобавьте вариант к модели
sbiosteadystate Нахождение устойчивого состояния модели SimBiology
sbioaccelerateПодготовьте объект модели для ускоренных симуляций
sbiosampleparametersСгенерируйте параметры путем выборки ковариатной модели (требует программного обеспечения Statistics and Machine Learning Toolbox)
sbiosampleerrorДискретизируйте ошибку на основе модели ошибки и добавьте шум к данным моделирования
sbioplotОтобразите результаты симуляции на одном рисунке
sbiosubplotОтобразите результаты симуляции на подграфиках
sbiotrellisПостройте графики данных или результатов симуляции на шпалерном графике
sbioensemblerunНесколько стохастические ансамблевые запуски модели SimBiology
sbioensembleplotПоказать результаты запуска ансамбля на 2-D или 3-D графиках
sbioensemblestatsПолучите статистику из данных ensemble run

Классы

ObservableОбъект, содержащий выражение для вычислений после постсимуляции
ScenariosСценарии симуляции
SimFunctionФункциональный интерфейс для выполнения моделей SimBiology
ScheduleDoseОпределите протокол дозирования лекарств
RepeatDoseОпределите протокол дозирования лекарств
VariantСохраните альтернативные значения компонентов
SimDataДанные моделирования
ConfigsetИнформация о настройках решателя для симуляции модели
SolverOptionsЗадайте опции решателя модели
RuntimeOptionsОпции для логгированных видов
CompileOptionsРазмерный анализ и опции преобразования модулей

Приложения

SimBiology Model BuilderСоздание моделей биологии QSP, PK/PD и механистических систем в интерактивном режиме
SimBiology Model AnalyzerАнализ моделей биологии QSP, PK/PD и механистических систем

Примеры и как

Моделируйте биологическую изменчивость с виртуальными пациентами, используя приложение SimBiology Model Analyzer App

Сгенерируйте значения выборки для параметров модели, чтобы представлять виртуальных пациентов и моделировать, чтобы исследовать изменчивость модели.

Симулируйте биологическую изменчивость цикла белка дрожжей G с использованием штаммов дикого типа и мутантов

Этот пример показывает, как создать и применить вариант к модели G-белка штамма дикого типа.

Симулируйте модель глюкозо-инсулиновой реакции с различными начальными условиями

Этот пример показывает, как моделировать глюкозо-инсулиновые ответы для нормальных и диабетических субъектов.

Концепции

Дозы в моделях SimBiology

Используйте дозы для моделирования различных схем дозирования.

Варианты в моделях SimBiology

Используйте варианты для хранения переменных значений параметров и начальных условий модели.

Симуляция модели

Симулируйте динамические модели с помощью различных решателей.

Выбор решателя симуляции

SimBiology® использует функцию решателя, чтобы вычислить решения для системы дифференциальных уравнений в разных временных интервалах во время симуляции модели.

Ускорение Симуляций модели и анализа

Ускорите симуляцию или анализ, преобразовав модель в скомпилированный код С

Объединение сценариев симуляции в SimBiology

Объедините сгенерированные выборки двумя различными методами.

Поиск и устранение проблем

Поиск и устранение проблем симуляции

Диагностируйте ошибки симуляции SimBiology, такие как отклонение Интегрирования (Integration tolerance not meted error), меняя решатель или допуски.

Выбор абсолютных погрешностей и относительных погрешностей для симуляции

SimBiology использует AbsoluteTolerance и RelativeTolerance для управления точностью интегрирования во время симуляции.

Получение ОДУ из реакций

Для симуляции модели SimBiology выводит обыкновенные дифференциальные уравнения (ОДУ) из реакций модели с использованием принципов баланса масс.