Импорт и экспорт данных

Импорт данных последовательности из общедоступных репозиториев и локальных файловых систем, включая FASTA, GenBank, GenPept, EMBL, BLAST, PDB, PFAM, ClustalW, GCG, PHYLIP, Newick и FASTQ; запись в различные форматы, включая FASTA, PDB и Newick

Функции

`fastainfo`	Возврат информации о файле FASTA
`fastaread`	Считывание данных из файла FASTA
`fastawrite`	Запись в файл в формате FASTA

`genbankread`	Считывание данных из файла GenBank
`getgenbank`	Получение информации о последовательности из базы данных GenBank
`genpeptread`	Чтение данных из файла GenPept
`getgenpept`	Получение информации о последовательности из базы данных GenPept
`emblread`	Считывание данных из файла EMBL
`getembl`	Получение информации о последовательности из базы данных EMBL
`pdbread`	Считывание данных из файла банка данных белка (PDB)
`pdbwrite`	Запись в файл с использованием формата банка данных белка (PDB)
`getpdb`	Получение данных о структуре белка из базы данных банка данных белка (PDB)

`fastqinfo`	Возврат информации о файле FASTQ
`fastqread`	Считывание данных из файла FASTQ
`fastqwrite`	Запись в файл в формате FASTQ

`blastread`	Считывание данных из файла отчета NCBI BLAST
`getblast`	Получение отчета BLAST с веб-сайта NCBI

`multialignread`	Чтение файла трассы с несколькими последовательностями
`multialignwrite`	Запись нескольких трасс в файл

`pfamhmmread`	Считывание данных из файла в формате PFAM HMM
`gethmmprof`	Получение скрытого профиля модели Маркова (HMM) из базы данных PFAM
`gethmmtree`	Получение данных филогенетического дерева из базы данных PFAM
`gethmmalignment`	Извлечение из базы данных PFAM выравнивания нескольких последовательностей, связанных со скрытым профилем модели Маркова (HMM)

`phytreeread`	Чтение файла филогенетического дерева
`phytreewrite`	Запись объекта филогенетического дерева в файл в формате Newick

Темы

Изучение нуклеотидной последовательности с помощью командной строки

Начиная с последовательности ДНК, вычислите статистику содержания нуклеотидов.

Изучение нуклеотидной последовательности с помощью приложения Sequence Viewer

Используйте графический интерфейс для функций последовательности.

Форматы данных и базы данных

Доступ к интерактивным базам данных и репозиториям с использованием различных функций MATLAB ® и импорт данных в рабочую область для дальнейшего анализа.

Характерные примеры

Accessing NCBI Entrez Databases with E-Utilities

Доступ к базам данных NCBI Entrez с помощью электронных утилит

Программный поиск и извлечение данных из баз данных Entrez NCBI с помощью Entrez Utilities (E-Utilities) NCBI.

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.