Sequence Alignment

Несколько, попарно, и выравнивания последовательности профиля с помощью динамических алгоритмов программирования; поисковые запросы BLAST и выравнивания; стандартные и пользовательские матрицы выигрыша

Сравните нуклеотид или последовательности аминокислот, использующие попарно или несколько функций выравнивания последовательности. Стандартные алгоритмы для попарных выравниваний включают Needleman-Wunsch (nwalign) и Смит-лодочник (swalignАлгоритмы. Можно также выполнить несколько выравнивание последовательности с помощью различных функций, такой как multialign и profalign, и визуализируйте результаты выравнивания в приложении Sequence Alignment. Кроме того, можно использовать скрытую модель Маркова (HMM), чтобы выровнять последовательность запроса к профилю HMM. Выполните поисковые запросы BLAST против известных последовательностей в онлайновых базах данных с помощью различных программ BLAST.

Приложения

Sequence AlignmentВизуализируйте и отредактируйте несколько выравниваний последовательности

Функции

localalignВозвратите локальные оптимальные и субоптимальные выравнивания между двумя последовательностями
nwalignГлобально выровняйте две последовательности с помощью алгоритма Needleman-Wunsch
swalignЛокально выровняйте две последовательности с помощью алгоритма Смита-лодочника
seqdotplotСоздайте точечную диаграмму двух последовательностей
seqpdistВычислите попарное расстояние между последовательностями
seqalignviewerВизуализируйте и отредактируйте несколько выравнивание последовательности
multialignВыровняйте несколько последовательностей с помощью прогрессивного метода
profalignВыровняйте два профиля с помощью глобального выравнивания Needleman-Wunsch
seqconsensusВычислите последовательность согласия
seqprofileВычислите профиль последовательности от набора умножают выровненные последовательности
seqlogoОтобразите логотип последовательности для нуклеотида или последовательностей аминокислот
hmmprofalignВыровняйте последовательность запроса, чтобы профилировать использующее скрытое выравнивание модели Маркова
hmmprofestimateОцените параметры скрытой модели Маркова (HMM) профиля с помощью псевдоколичеств
hmmprofgenerateСгенерируйте случайную последовательность, чертившую из скрытой модели Маркова (HMM) профиля
hmmprofmergeОтображает набор выравниваний профиля HMM
hmmprofstructСоздайте или отредактируйте структуру профиля скрытой модели Маркова (HMM)
showhmmprofПостройте профиль скрытой модели Маркова (HMM)
blastncbiСоздайте удаленный ID запроса отчета BLAST NCBI или соединитесь с отчетом BLAST NCBI
blosumВозвратить матрицу оценок BLOSUM
dayhoffВозвратите матрицу оценок Дейхофф
gonnetВозвратите матрицу оценок Gonnet
nuc44Возвратите матрицу оценок NUC44 для последовательностей нуклеотида
pamВозвратите матрицу оценок закрепившейся точечной мутации (PAM)

Темы

Сравните последовательности Используя алгоритмы Sequence Alignment

Определение подобия между двумя последовательностями является общей задачей в вычислительной биологии.

Просмотрите и выровняйте несколько последовательностей

Используйте приложение Sequence Alignment, чтобы визуально смотреть выравнивание кратного и внести ручные корректировки.

Выравнивания последовательности

Можно выбрать из списка методов анализа сравнить нуклеотид или последовательности аминокислот, использующие попарно или несколько функций выравнивания последовательности.

Утилиты последовательности и статистика

Можно управлять и анализировать последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических, и биологических характеристик данных.

Рекомендуемые примеры

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте