Можно выбрать из списка методов анализа сравнить нуклеотид или последовательности аминокислот, использующие попарно или несколько функций выравнивания последовательности.
Попарное выравнивание последовательности — Эффективные внедрения стандартных алгоритмов, такие как Needleman-Wunsch (nwalign
) и Смит-лодочник (swalign
) алгоритмы для попарного выравнивания последовательности. Тулбокс также включает стандартные матрицы выигрыша, такие как PAM и семейства BLOSUM матриц (blosum
, dayhoff
, gonnet
, nuc44
, pam
). Визуализируйте общие черты последовательности с seqdotplot
.
Несколько упорядочивают выравнивание — Функции для нескольких упорядочивают выравнивание (multialign
, profalign
) и функции, которые поддерживают несколько последовательностей (multialignread
, fastaread
). Существует также графический интерфейс (seqalignviewer
) для просмотра результатов выравнивания последовательности кратного и вручную внесения корректировки.
Несколько профилей последовательности — Реализации для нескольких выравнивание и профиль скрытый Марков моделируют алгоритмы (gethmmprof
, gethmmalignment
, gethmmtree
, pfamhmmread
, hmmprofalign
, hmmprofestimate
, hmmprofgenerate
, hmmprofmerge
, hmmprofstruct
, showhmmprof
).
Биологические коды — Ищут буквы или числовые эквиваленты для обычно используемых биологических кодов (aminolookup
, baselookup
, geneticcode
, revgeneticcode
).