Bioinformatics Toolbox™ позволяет вам доступ многие базы данных по сети и другим онлайновым репозиториям данных. Это позволяет вам скопировать данные в рабочую область MATLAB®, и читать и записать в файлы со стандартными биоинформатическими форматами. Это также читает много общих форматов файлов генома так, чтобы вы не писали и обеспечить свои собственные средства чтения файлов.
Веб-базы данных — можно непосредственно получить доступ к общедоступным базам данных в сети и скопировать последовательность и информацию об экспрессии гена в среду MATLAB.
Базами данных последовательности, в настоящее время поддержанными, является GenBank® (getgenbank
), GenPept (getgenpept
), Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL) (getembl
), и Банк данных белка (PDB) (getpdb
). Можно также получить доступ к данным из веб-сайта Gene Expression Omnibus (GEO) NCBI при помощи одной функции (getgeodata
).
Доберитесь умножают выровненные последовательности (gethmmalignment
), скрытые профили модели Маркова (gethmmprof
), и филогенетические древовидные данные (gethmmtree
) от базы данных PFAM.
База данных Gene Ontology — Загрузка база данных с сети в генный объект онтологии (geneont
). Выберите разделы онтологии с методами для объекта geneont (getancestors (geneont)
, getdescendants (geneont)
, getmatrix (geneont)
, getrelatives (geneont)
), и управляйте данными со служебными функциями (goannotread
, num2goid
).
Считайте данные из инструментов — Считанные данные, сгенерированные от генных инструментов секвенирования (scfread
, joinseq
, traceplot
), массовые спектрометры (jcampread
), и сканеры Agilent® микромассивов (agferead
).
При чтении форматов данных — тулбокс обеспечивает много функций для чтения данных из общих биоинформатических форматов файлов.
Данные о последовательности: GenBank (genbankread
), GenPept (genpeptread
), EMBL (emblread
), PDB (pdbread
), и FASTA (fastaread
)
Умножьте выровненные последовательности: ClustalW и форматы GCG (multialignread
)
Данные об экспрессии гена из микромассивов: данные Gene Expression Omnibus (GEO) (geosoftread
), данные GenePix® в GPR и файлах GAL (gprread
, galread
), данные SPOT (sptread
), данные Affymetrix® GeneChip® (affyread
), и файлы результатов ImaGene® (imageneread
)
Скрытые профили модели Маркова: файл PFAM-HMM (pfamhmmread
)
Записывающие данные форматы — функции для получения данных из сети включают опцию, чтобы сохранить данные к файлу. Однако существует функция, чтобы записать данные к файлу с помощью формата FASTA (fastawrite
).
Поисковые запросы BLAST — Запрос Веб-поисковые запросы BLAST (blastncbi
), получите результаты поиска (getblast
) и считайте результаты ранее сохраненного форматированного файла отчета BLAST (blastread
).
Среда MATLAB имеет встроенную поддержку других форматов файлов промышленного стандарта включая файлы "запятой разделила значение" (CSV) и Microsoft® Excel®. Дополнительные функции выполняют ASCII и низкоуровневый бинарный ввод-вывод, позволяя вам разработать пользовательские функции для работы с любым форматом данных.