Белок и анализ последовательности аминокислот

Вычислите и в интерактивном режиме исследуйте статистику последовательности аминокислот; вычислите свойства последовательности; найдите ферменты разламывания

Приложения

Sequence ViewerВизуализируйте и в интерактивном режиме исследуйте биологические последовательности

Функции

aacountСчитайте аминокислоты в последовательности
codonbiasВычислите частоту кодона для каждой аминокислоты, закодированной для в последовательности нуклеотида
codoncountСчитайте кодоны в последовательности нуклеотида
nmercountСчитайте n-mers в нуклеотиде или последовательности аминокислот
seqwordcountСчитайте количество случаев слова в последовательности
aa2ntПреобразуйте последовательность аминокислот в последовательность нуклеотида
nt2aaПреобразуйте последовательность нуклеотида в последовательность аминокислот
aa2intПреобразуйте последовательность аминокислот от буквы до целочисленного представления
int2aaПреобразуйте последовательность аминокислот от целого числа, чтобы обозначить буквами представление
revgeneticcodeВозвратите отображение реверса (аминокислота к кодону нуклеотида) для генетического кода
aminolookupНайдите коды аминокислоты, целые числа, сокращения, имена и кодоны
geneticcodeВозвратите кодон нуклеотида в отображение аминокислоты для генетического кода
atomiccompВычислите атомарный состав белка
isoelectricОцените изоэлектрическую точку для последовательности аминокислот
isotopicdistВычислите изотопное массовое распределение с высоким разрешением и функцию плотности
molweightВычислите молекулярную массу последовательности аминокислот
seqviewerВизуализируйте и в интерактивном режиме исследуйте биологические последовательности
seqdispФормат длинная последовательность выводится для легкого просмотра
seqshoworfsОтобразите открытые рамки считывания в последовательности
proteinplotОткрытое окно Protein Plot, чтобы исследовать свойства последовательности аминокислот
proteinpropplotПостройте свойства последовательности аминокислот
ramachandranПостройте график Ramachandran для данных о Банке данных белка (PDB)
seqconsensusВычислите последовательность согласия
seqdotplotСоздайте точечную диаграмму двух последовательностей
seqlogoОтобразите логотип последовательности для нуклеотида или последовательностей аминокислот
seqprofileВычислите профиль последовательности от набора умножают выровненные последовательности
seqinsertgapsВставьте разрывы в нуклеотид или последовательность аминокислот
cleaveРасколите последовательность аминокислот с ферментом
cleavelookupНайдите правило разламывания для фермента или составного объекта
seq2regexpПреобразуйте последовательность с неоднозначными символами к регулярному выражению
featureparseПроанализируйте функции от GenBank, GenPept или данных EMBL
randseqСгенерируйте случайную последовательность от конечного алфавита
seqmatchНайдите соответствия для каждого вектора символов в библиотеке

Темы

Исследуйте последовательность белка Используя приложение Sequence Viewer

Используйте Биологический Sequence Viewer, чтобы исследовать последовательности белка

Сравните последовательности Используя алгоритмы Sequence Alignment

Определение подобия между двумя последовательностями является общей задачей в вычислительной биологии.

Анализ свойства белка

Можно использовать набор методов анализа белка извлечь информацию из данных.

Утилиты последовательности и статистика

Можно управлять и анализировать последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических, и биологических характеристик данных.

Рекомендуемые примеры

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте