MATLAB® окружение широко используется для анализа данных микромассивов, включая чтение, фильтрацию, нормализацию и визуализацию данных микромассивов. Однако стандартные инструменты нормализации и визуализации, которые используют ученые, могут оказаться трудными для реализации. Тулбокс включает следующие стандартные функции:
Данные микромассивов - Read Affymetrix® GeneChip® файлы (affyread) и постройте график данных (probesetplot), ImaGene® файлы результатов (imageneread), файлы SPOT (sptread) и Agilent® файлы сканера микромассивов (agferead). Чтение GenePix® Файлы GPR (gprread) и файлы GAL (galread). Получите данные Gene Expression Omnibus (GEO) из сети (getgeodata) и считывайте данные GEO из файлов (geosoftread).
Служебная функция (magetfield) извлекает данные из одной из функций считывателя микромассивов (gprread, agferead, sptread, imageneread).
Нормализация и фильтрация микромассивов - тулбокс предоставляет ряд методов для нормализации данных микромассивов, таких как низкая нормализация (malowess) и средняя нормализация (manorm), или через несколько массивов (quantilenorm). Можно использовать функции фильтрации для очистки необработанных данных перед анализом (geneentropyfilter, genelowvalfilter, generangefilter, genevarfilter), и вычислите область значений и отклонение значений (exprprofrange, exprprofvar).
Микромассив визуализация - тулбокс содержит стандартные программы для визуализации микромассива данных. Эти стандартные программы включают пространственные графики данных микромассивов (maimage, redgreencmap), коробчатые графики (maboxplot), логарифмические графики (maloglog), и графики соотношения интенсивности (mairplot). Можно также просмотреть кластеризованные профили выражений (clustergram, redgreencmap). Можно создать 2-D разбросать графики основных компонентов из данных микромассивов (mapcaplot).
Микромассив служебных функций - Используйте следующие функции для работы с наборами данных Affymetrix GeneChip. Получите информацию о библиотеке для зонда (probelibraryinfo), информация о гене из набора зондов (probesetlookup) и значения набора зондов из информации CEL и CDF (probesetvalues). Показать информацию о наборе зондов из NetAffx™ Analysis Center (probesetlink) и постройте графики значений набора зондов (probesetplot).
Тулбокс обращается к статистическим стандартным программам для выполнения кластерного анализа и визуализации результатов, и вы можете просмотреть свои данные с помощью статистических визуализаций, таких как дендрограммы, классификация и регрессионые деревья.
