Анализ нуклеотидной последовательности
Вычислите и интерактивно исследуйте статистику последовательности; вычислить свойства последовательности; анализировать мотивы; проект грунтовок; найти рестрикционные ферменты
Приложения
| Sequence Viewer | Визуализация и интерактивное исследование биологических последовательностей |
Функции
basecount | Подсчет нуклеотидов в последовательности |
codonbias | Вычислите частоту кодона для каждой аминокислоты, закодированной в нуклеотидной последовательности |
codoncount | Количество кодонов в нуклеотидной последовательности |
dimercount | Отсчет димеров в нуклеотидной последовательности |
ntdensity | Постройте график плотности нуклеотидов вдоль последовательности |
seqwordcount | Количество вхождений слова в последовательности |
nt2aa | Преобразование нуклеотидной последовательности в аминокислотную |
aa2nt | Преобразуйте аминокислотную последовательность в нуклеотидную |
nt2int | Преобразуйте нуклеотидную последовательность из буквы в целое число |
int2nt | Преобразуйте нуклеотидную последовательность из целого числа в буквенное представление |
dna2rna | Преобразование последовательности ДНК в последовательность РНК |
rna2dna | Преобразование последовательности РНК в последовательность ДНК |
revgeneticcode | Верните обратное отображение (аминокислоту в нуклеотидный кодон) для генетического кода |
seqcomplement | Вычисление комплементарной цепи нуклеотидной последовательности |
seqrcomplement | Вычисление обратной комплементарной цепи нуклеотидной последовательности |
seqreverse | Вычислите обратную цепь нуклеотидной последовательности |
baselookup | Найдите нуклеотидные коды, целые числа, имена и дополнения |
geneticcode | Возврат нуклеотидного кодона к аминокислотному отображению для генетического кода |
oligoprop | Вычислите свойства последовательности олигонуклеотида ДНК |
cpgisland | Определение местоположения островков CpG в последовательности ДНК |
joinseq | Соедините две последовательности, чтобы получить кратчайшее суперсеквенцию |
palindromes | Найти палиндромы в последовательности |
randseq | Сгенерируйте случайную последовательность из конечного алфавита |
seqmatch | Поиск совпадений для каждого вектора символов в библиотеке |
seqviewer | Визуализация и интерактивное исследование биологических последовательностей |
seqdisp | Формат выхода длинной последовательности для простого просмотра |
seqshoworfs | Отобразите открытые системы координат последовательно |
featureparse | Функции анализа из данных GenBank, GenPept или EMBL |
featureview | Нарисуйте линейную или круговую карту функций из структуры GenBank |
seqconsensus | Вычислите консенсусную последовательность |
seqdotplot | Создайте точечный график из двух последовательностей |
seqlogo | Отобразите логотип последовательности для нуклеотидных или аминокислотных последовательностей |
seqprofile | Вычислите профиль последовательности из набора умноженных выровненных последовательностей |
seqinsertgaps | Вставьте зазоры в нуклеотидную или аминокислотную последовательность |
rebasecuts | Найдите рестрикционные ферменты, которые режут нуклеотидную последовательность |
restrict | Разделите нуклеотидную последовательность в сайте рестрикции |
seq2regexp | Преобразуйте последовательность с неоднозначными символами в регулярное выражение |
Темы
Исследование нуклеотидной последовательности с помощью командной строки
Начиная с последовательности ДНК, вычислите статистику по нуклеотидному содержимому.
Исследование нуклеотидной последовательности с помощью приложения Sequence Viewer
Используйте графический интерфейс для функций последовательности.
Утилиты и статистика последовательности
Можно манипулировать и анализировать свои последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических и биологических характеристик ваших данных.
